Якоб Арминий родился в Аудеватере (Утрехт). По завершении обучения в Лейденском и Женевском университетах в 1588 стал пастором в Голландской реформатской церкви в Амстердаме, а в 1603 — профессором теологии Лейденского университета. Практически сразу по принятии кафедры у него разгорелся теологический спор с Францискусом Гомарусом, который также был профессором богословия в Лейдене, по вопросу о предопределении. После многих и горячих прений в 1608 году в Гааге назначен был религиозный диспут перед Генеральными штатами Голландии и Западной Фрисландии, между Гомарусом и Арминием. Диспут этот так и не привел к соглашению сторон.

В 1590 году Арминий женится на Елизавете Рэел, дочери одного из самых влиятельных людей Голландии. Умер в Лейдене.

Арминием был создан ряд работ, в которых он полемизировал с учением кальвинистов по вопросу спасения души. Наиболее остро свои расхождения с кальвинистами по данному вопросу были сформулированы в трактате 1608 г. «Объявление мнений». Здесь Арминий уточнил тезис об избирательности Бога при назначении людей к спасению: спасутся те верующие, которые приняли данное от Бога посредничество Иисуса Христа и в глазах Бога искренне покаялись. Из этого следовало, что человек способен своей свободной волей обратиться к спасению.

Несмотря на расхождения во взглядах с кальвинистами, Я. Арминий до конца жизни оставался в реформатской церкви.

Взгляды Арминия нашли понимание среди части голландского общества, вследствие чего вокруг него сформировалась группа сторонников, именовавшихся арминианами. Уже после смерти своего основателя, в 1610 году арминиане подали церковным властям представление (remonstrantia), которое стало основным изложением учения арминиан (ремонстрантов).

Ремонстранты подвергли критике пять пунктов кальвинистского учения:

о двойном предопределении — к спасению или погибели — в результате свободного акта божественной воли;
о том, что избранный непременно спасётся, а осужденный — погибнет;
о том, что Христос умер только ради избранных ко спасению;
о том, что Бог дает благодать только избранным ко спасению;
о том, что получившие спасающую благодать никогда её не утрачивают.
После осуждения данного учения на состоявшемся в 1618—1619 годах реформатском синоде в Дордрехте, арминиане были отстранены от церковных должностей и подверглись репрессиям. В Нидерландах и ряде других европейских государств данная конфессия сохранилась до настоящего времени и насчитывает несколько тысяч человек. Существенно повлияли арминианские доктрины и на формирование богословия общих баптистов, баптистов свободной воли, Армии Спасения, методистов (Джон Уэсли издавал журнал "Арминианин") и Церквей Христа (ни в коем случае не Объединённой Церкви Христа, которая к ним не относится). Несмотря на признание арминианами принципа Синергии и учения Иоанна Кассиана и их близость к учению Высокой Англиканской Церкви, с которой Русская православная церковь вела переговоры о каноническом единстве со времён Ивана Грозного и до 90х годов прошлого века, не находящиеся под влиянием близкого к арминианству Филиппа Меланхтона (такие богословы были в Синодальный период) православные богословы не ограничивались критикой кальвинизма, подобно арминианам, а всегда подчёркивали необходимость "дела" для Спасения.

Учение Арминия оказало значительное влияние на развитие протестантской богословской и философской мысли, включая таких её представителей, как Джон Уэсли и Гуго Гроций.